ご質問の、雇用契約書上で「賞与は支給しない」旨を定めている場合に賞与を支給することは、恩恵的な措置ですので特に問題ありません。
反対に、契約書や就業規則にて賞与を支給する旨を定めているにも関わらず、賞与を支給しないことは、労働条件の不利益変更にあたり法律上問題となります。

支給が今回限りであれば、契約書の再締結は必要ないかと思いますが、ご本人へは、今回限りの特別な対応である旨をお伝えしておくとよいでしょう。

また、同様の対応が継続しますと既得権化してしまいますので、今後継続して支給していくことが想定されるのであれば、契約書の変更も必要になると思われます。