36協定を結び直すことについては可能ですが、36協定は事業所全体で結ぶものであり、個人個人で結ぶものではありません。

中小企業の場合、職種ごとに上限時間を定めることもできますので、もしそのオーバーしそうな方々が同じ職種の方ならば職種ごとで上限時間を定めることを検討しても良いでしょう。
また、36協定は提出してからが有効となり、過去にさかのぼって効力を発揮するものではありませんので、ご注意ください。

将来的に臨検が入った時のことも考え、36協定を提出する際に、協議、通知、承認等のきちんとした手続きを実施したこと、労使で協議したうえでの合意があることや、定めた時間内に業務が終了するように、労働時間の削減のため業務改善を実施したことの記録を取っておくことも必要です。

また、特別延長の時間に限度はありませんが、過労死ラインといわれている1ヵ月80時間以内に収めるようにし、これで労働基準法をクリアできたとしても、従業員の方の健康管理には十分に気を付けてください。