結論として、時間単位年休は年5日の取得義務には含まれず、義務達成としてカウントすることはできません。

「年5日の取得義務」ですが、労働基準法第39条第7項において、年10日以上の年次有給休暇が付与される従業員に対し、事業主は年5日を確実に取得させる義務（時季指定義務）を負うとされています。一方で、時間単位有休は同条第4項に基づき、労使協定によって導入できる特例的な制度です。
時間単位で取得した有休は日単位の有休とは区別され、下記「年5日の年次有給休暇の確実な取得 わかりやすい解説」にて、5日取得義務には含めないと明確に示されています。

▼年5日の年次有給休暇の確実な取得 わかりやすい解説
https://www.mhlw.go.jp/content/000463186.pdf

実務上は、まず、「日単位・半日単位」と「時間単位」を分けて管理することが重要です。5日取得義務の進捗は、日単位・半日単位のみで確認し、未達になりそうな場合には会社が時季指定を行うなど、計画的な取得促進が必要です。

なお、時間単位年有休はその取得の上限について「5日以内に限る」と定めています。年5日の取得義務と同じ「5日」となっているので、正しく理解するよう、ご留意ください。

時間単位有休は従業員にとって使い勝手が良い反面、取得義務の達成にはつながらないので、その運用には注意が必要です。時間単位有休の利用が多くなりますと、期限内での義務達成が難しくなる懸念があります。半日単位の扱いも含め、制度設計と運用ルールをあらかじめ整理しておくことが重要となります。