税務署から届く「扶養控除等の見直しについて」という書類は、直近2～3年の年末調整において、配偶者控除や扶養控除に修正を要する可能性が高い方に対して行われる通知となります。
これには「扶養控除等の見直し結果回答書」「納付書」が同封されていますので、見直しにはこれらを使用します。

まず、対象の扶養親族の所得を確認します。
誤りと考えられる年を含め3年分ほど見直しの指示がありますので、社員よりそのすべての年分について、対象扶養親族の課税証明書等を提出してもらってください。
そして見直し年分の年調申告内容及び課税証明書等を基に年税額の再計算を行い、年末調整時の年税額との差額を算出します。
差額が確定したら、その金額を「扶養控除等の見直し結果回答書」に記載して指定の期日までに税務署へ提出し、納付書で差額の納付を行ってください。
差額分は次回給与等にて本人から徴収を行うことになります。

なお、前年以前に既に見直しを行い差額を納付済の年が、見直し対象年として記載されている場合がございます。
その場合、「扶養控除等の見直し結果回答書」の備考欄に「○年○月○日付　○年分納付済」と記載し、当該年の追加納付額は0円とします。

また、申告より扶養親族の所得が少なかった等で、再計算の結果、還付が発生するという場合もあると存じます。
ですがこの場合、追加納付との差引はできず、修正は本人の確定申告で対応してもらうことになります。
「扶養控除等の見直し結果回答書」の備考欄に「○年分見直し後還付、本人確定申告」と記載し、追加納付額は0円とします。