令和7年11月19日に所得税施行令の一部を改正する政令が交付され、通勤のため自動車などの交通用具を使用している給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。

改正後の非課税限度額は、令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当について適用されます。
なお、⑴令和7年3月31日以前に支払われた通勤手当、⑵令和7年3月31日以前に支払われるべき通勤手当で同年4月1日以後に支払われるもの、⑶⑴または⑵の通勤手当の差額として追加支給されるのものについては適用されません。

改正前に既に支払われた通勤手当については、改正後の非課税限度額を適用した場合に過納となる税額がある場合には、本年の年末調整もしくは確定申告により精算することとなります。

年の途中に退職した人などに対し支払っていた通勤手当が、改正前の非課税限度額以下である場合は、特段の対応は不要ですが、改正前の非課税限度額を超えた通勤手当を支払っていた場合で、改正後の非課税限度額を適用することで新たに非課税となった部分の金額があるときは、「支払金額」欄を訂正するとともに、「摘要」欄に「再交付」と表示した給与所得の源泉徴収票を作成し、再交付してください。

通勤手当の非課税限度額の改正について
https://www.nta.go.jp/users/gensen/2025tsukin/index.htm