慶弔休暇などの法定外休暇（会社独自に設ける特別休暇）は、取得要件や取扱い方法（出勤扱いとするか、欠勤扱いとするか、賃金の支給有無など）を会社の裁量で定めることができます。
就業規則に「出勤日相当として取り扱う」旨を規定しておけば、出勤扱いとしての運用が可能です。

勤怠上は、「特別休暇（有給）」を取得した日を会社の判断で「出勤扱い」とみなすことができます。勤怠表では「特別休暇（有給）」として記録して差し支えありません。ただし、所定労働時間の勤務実績がない点の扱い（未労働時間の取扱いなど）は、就業規則・賃金規程等で明確にしておくことが望まれます。

支払基礎日数（離職票・月額変更届などにおける算定基礎日数）は、「報酬の支払がある日数を含める」とされているため、賃金が支払われる特別休暇は基礎日数に含めることができます。
また、出勤率の算定（例：年次有給休暇付与要件の「出勤率8割以上」）については、特別休暇を「出勤日」「全労働日」に含めるか含めないか勤怠上の取扱いを決めておくことが重要です。

運用上は、勤怠システムや出勤簿に「特別休暇（有給）」「出勤」などの区分を設け、通常勤務と区別して管理することが望ましいです。
給与計算においては、支払基礎日数を「通常勤務日数＋有給休暇取得日数＋特別休暇日数」として取り扱う運用が適切です。
また、「有給休暇取得日」と同様に、出勤簿・賃金台帳・給与明細では「特別休暇」を独立した項目として表示・管理することが推奨されます。