自賠責保険（自動車損害賠償責任保険）は、交通事故により他人を死亡させたり、負傷させたりした場合の「人身事故」に対し、損害賠償金を補填する制度です。そのため、以下のようなケースでは保険金の支払い対象外となります。
• 運転者自身の怪我
• 車両の修理費用
• 単独の人身事故（例：電柱へ衝突による負傷）

今回の事故では、社員が前方不注意により相手車両へ追突（過失割合10割）し、自身も負傷されたとのことです。この場合、自賠責保険による補償は適用されず、保険会社の見解通り、通勤災害としての労災申請が妥当と考えられます。
仮に相手側にも過失がある場合、相手側の自賠責保険から補償を受けられる可能性がありますが、過失割合が7割以上になると補償額が2割～5割減額されてしまいます。一方、労災保険は過失割合による減額がないため、従業員保護の観点からも労災申請が有利です。
相手が急ブレーキをかけたとしても、それが故意でない限りは、通常は車間距離を保っていなかった追突側に認定される傾向があります。

また、通勤災害は事業主に責任が及ぶものではなく、申請してもメリット制料率（保険料率）への影響はありません。