労働基準法では、時間単位年休の取得方法について「1日に複数回取得してはならない」といった禁止規定はありません。 法律の目的は、労働者がより柔軟に休暇を取得できるようにすることです。そのため1日に複数回に分けて取得することも、その目的に沿うものと考えられています。

時間単位の有給休暇を取得可能とする場合は、下記について労使協定を結んだうえで就業規則上に明記されていれば法律上問題なく運用することができます。

・時間単位年休の対象労働者の範囲
・時間単位年休の日数
・時間単位年休1日の時間数
・1時間以外の時間を単位とする場合はその時間数

ご質問内容からしますと御社では1時間単位で有給休暇を取得することが可能と思われますため、3時間分の時間単位の有給休暇を取得したものとして取り扱うことになります。


以上により、事業の正常な運営を妨げるものでなければ、就業規則に明記がなくても従業員の希望通りに1日に複数回の時間単位の有給休暇の取得を認めることがよろしいと思われます。