「振休」＝振替休日と「代休」は、どちらも休日出勤に関連する制度ですが、その定義や取得方法、給与計算において明確な違いがあります。

振替休日とは、休日と決められていた日をあらかじめ労働日とし、その代わりに他の労働日を休日にすることです。
例えば、休日と定められている土曜日をあらかじめ労働日として、もともと労働日であった前日金曜日を休みにするということが、振替休日に該当します。
取得にあたっては、あらかじめ労働日と振り替える休日を指定しておく必要があります。
割増賃金の観点では、振替は休日と勤務日を入れ替えるだけなので、休日出勤には該当しません。そのため、割増賃金の支払い義務は発生しません。
ただし、週40時間を超えた場合、振替出勤時の実働時間が8時間を超えた場合、その分の割増賃金の支払いは必要となりますので、ご注意ください。

対して、代休とは、本来の休日に労働をさせた後、その代償として別の日に休む権利を与えるものです。
取得については、勤務後に任意の労働日を休みに設定できるため、事前に日程を決めておく必要はありません。
割増賃金の観点では、代休の場合は通常の休日出勤に該当するため、休日に出勤させると一定の割増賃金の支払いが必要です。
（法定休日の場合は35%、法定外休日の場合は25%）

上記に加え、労働時間制がフレックスタイム制であったり、割増賃金の支払い形態が固定残業代の場合、休日出勤した日とそれに対する振休、代休取得日が給与計算期間を跨ぐ場合、その処理は大変複雑になります。

これらの制度を適切に運用するためには、就業規則への明確な記載と、運用ルールの明確化、そして従業員への周知が不可欠です。振替休日と代休の違いを正しく理解し、状況に応じて適切に使い分けることが、労務管理上のトラブルを防ぐ鍵となります。