労働基準法39条第7項違反にはなるが、処罰(罰金刑)に該当しない可能性が高いです。
　


刑法は３つの要件で成り立っています。

１：構成要件
犯罪が成立するために必要な要素を指します。
本件に当てはめると、基準日より１年間で年次有給休暇を５日間消化できない事実が確定すると、労基法39条7項違反となります。

２：違法性
行為が法律や社会の規範に違反している状態を指します。
しかし、正当防衛、緊急避難、正当行為などの理由で、違法性が否定される場合もあります。
本件では、育児休業の取得という法律で定められた本人の権利を行使しているので、正当行為とみなされ、違法性が否定される可能性が高いです。

能登半島地震では、緊急避難に該当したため、金沢市以北の事業所は緊急避難、復興事業に寄与した建設業は正当行為と判断された事例があります。


３：責任:
行為者がその行為に対して責任を負うことができる状態を指します。

責任には、

１・責任能力（行為の際に、自分の行為を判断する能力があること）と、
２・故意または過失（故意は、その結果を意図して行ったこと、過失は、注意不足で結果が生じたこと）

が含まれます。

本件は事業者の経営状態まで触れていないので、刑に服する責任を負う(罰金刑に処せられても、罰金を納付する責任能力)ことができると判断できます。
(能登半島地震では、事業所が被災し事業の継続が困難となった事業所が数多く発生した。これは刑に服する責任能力が喪失していると考えられています。)

よって、２つの構成要件しか満たさないため、処罰されない可能性が高いと考えられます。


可能性が高いという書き方をした理由は下記のとおりです。

・育児介護休業規程が最新版でなかった場合、申出書を適正に提出していない場合
・本人に請求権のある年次有給休暇を意図的に取得させないことが発覚した場合
・他の法律による適用(例：災害救助法もしくは、緊急事態条項)を受けていない場合にもかかわらず、年次有給休暇を取得させなかった場合

上記３点に抵触した場合は、39条7項違反となる可能性が高いです。


あくまでも、労働基準監督署は司法警察権を有しています。
つまり、送検をするだけで、起訴するか不起訴にするかの判断は検察が行います。