社会保険（健康保険・厚生年金保険）における育児休業等期間中の保険料免除や、雇用保険の育児休業給付金は、あくまで育児休業法に基づく「育児休業の取得」が前提です。
したがって、労使協定により育児休業が認められておらず、「欠勤」扱いとする場合は、その期間を育児休業等として保険料免除の申請を行うことはできません。
　対象従業員には、「育児休業制度の適用対象外であること（労使協定に基づく）」を明確に説明し、欠勤期間については、育児休業ではないため、社会保険料は通常どおり徴収されること、また育児休業給付金も受給できないことも併せて説明しましょう。

　ただし、労使協定の対象外であっても会社の裁量により、個別の事情により特別に育児休業として認めることは可能です。
その場合は、従業員からの申出書や休業申請書を正式に受理し、「育児休業として認める」旨を通知すること、また、会社がその期間を「育児休業」として扱う旨を文書等で明確にすることが重要です。

　また、今後も入社1年未満の従業員へ同様のケースの休職を認める方針である場合には、労使協定の運用の見直しや明文化（例外規定の追加）を検討してもよいでしょう。