お問い合わせの件につきまして、結論から申し上げますと、Ｗワーク先の「甲」の分の収入のみを御社の年末調整に反映させる形となります。

お問い合わせのケースですと、以下の４つの収入が発生しております。
　①御社の「乙」の収入（1月～6月）
　②御社の「甲」の収入（7月～12月）
　③Ｗワーク先の「甲」の収入（1～6月）
　④Ｗワーク先の「乙」の収入（7～12月）
上記のうち、御社の年末調整に反映させる必要があるのは①②③となります。

通常、年末調整に反映するのは「甲」の収入だけとなりますが、同じ会社内において年の途中で乙から甲に変更した場合の収入につきましては、乙の分も含めて年末調整の計算を行って頂いて問題ございません。
また、Ｗワーク先の収入につきましては、「甲」の部分は年末調整に反映させる必要がございます。
結果として、年末調整に反映することが出来ないのは④の、Ｗワーク先の「乙」の収入のみとなります。

この場合、Ｗワーク先からは1～6月分の「甲」の収入についての源泉徴収票が発行されます。
退職した訳ではございませんので「甲」の源泉徴収票に退職日は記載されておりませんが、代わりに、摘要欄には税金の徴収区分が「甲」では無くなった日が記載されています。
年末調整の計算時にはこの源泉徴収票を、前職の源泉徴収票を提出された場合と同じ要領で反映させて下さい。

なお、年末調整後に発行する御社の源泉徴収票の摘要欄には前職の源泉徴収票を提出された場合と同じように
　・Ｗワーク先の会社名
　・Ｗワーク先の住所
　・Ｗワーク先の収入、社会保険料、徴収税額
　・Ｗワーク先で税金の徴収区分が「甲」でなくなった日
を記載して下さい。

税金の徴収区分が変わった場合、どの収入を年末調整に反映させる必要があるかどうかは間違いが起こりやすい部分です。
不明な点が出た場合は税務署に確認等を行いながら、誤りの無いようにして下さい。