法定休日労働分の給与計算処理ですが、多くの会社様で見られる通常の労働時間制、1ヶ月単位のフレックスタイム制、裁量労働制では、いずれも法定休日労働時間×1.35での割増賃金の支払いが必要となります。
特に、フレックスタイム制、裁量労働制では注意が必要です。
いずれの場合でも、「法定休日」労働分は、通常労働分とは区別し、当該労働時間数に応じた支払いが必要となります。
（「所定休日（法定外休日）」分とは異なります）

なお、対象の従業員様が管理監督者の場合、法定休日労働時間に対する割増賃金を支払う必要はありません。

「休日出勤の正しい運用のため」とのことですが、労働法的な観点で申しますと、まずは貴社の規程における「所定休日（法定外休日）」と「法定休日」、「振替休日」と「代休」の定義をご確認の上、従業員様へその理解を促進する発信をしていただくのがよろしいかと存じます。
特に割増賃金が発生するケースは、貴社におけるコストとなりますので、十分にご理解いただいた上で運用いただくのがよろしいでしょう。
また、運用面では、休日出勤は指揮命令者の指示の元で実施されるべきものです。指揮命令者、部下の従業員様の間でコンセンサスを取り、適切な指示の上で実施するよう啓蒙することが大切です。
必要に応じて、人事様にも情報共有する仕組みが作れると、よろしいかと存じます。