労働基準法の観点としては、賃金直接支払いの原則により従業員本人へ直接、賃金を支払う必要があります。
ただ今回の差し押さえ命令は、貴社を第3債務者とした裁判所という司法権による強制執行であり、従業員様が貴社に対して持つ賃金債権よりも優先するため、命令に沿った対応が必要です。
また、賃金控除の労使協定に記載する必要はございません。

命令文書の中に記載があると思いますが、差し押さえ額の給与控除は以下の点に注意する必要がございます。
・差し押さえ可能額は以下のとおり計算
　基本給＋諸手当から社会保険料、所得税、住民税を控除した残額の1/4（切り捨て）
　ただし残額が月額44万円を超えるときは、その残額から33万円を控除した額
・差し押さえ額の算定では、通勤手当は賃金ではなく経費の性質があるため除外
・所得税の対象外
・社会保険、雇用保険の対象外
・割増賃金の対象外

差し押さえが何か月か継続していく場合には、雇用が継続する限り、毎月、給与や賞与から差押可能額を計算します。
差押可能額の基礎には残業代を含みますので、差押可能額も毎月、変動する可能性もございます。

また、今回の債権者以外に対しても未払いがないかご本人様へご確認されるとよいかと存じます。