回答いたします。
半日単位の有給休暇取得については労働基準法に特段の定めがなく、一日の所定労働時間を厳密に半分になっていないルールであっても、ただちに違法となることはありません。
ただ、状況によって有給休暇によって取りうる時間が異なることで従業員に不公平感が発生する可能性がありますので、労使納得のいくようルールを定めていく必要があるかと思います。
また、半日有休が発生する頻度が低いようであれば、年次有給休暇の時間単位付与制度を導入することで、フレキシブルな休暇の取得が可能になります。ただし、時間単位付与制度は年に5日までという上限がある点、半日という枠組みを越えて取得が可能になることによる労務管理の負担増、制度の導入に労使協定・就業規則への反映が必要になる点など注意点もあるため、御社の事情にあわせて制度を定めていく必要があるかと存じます。