ご質問の内容から本社と店舗は同じ事業所内にあり、それぞれで組織的関連性（例えば事務機能）が独立をしていないのであれば、労働保険番号を1つにできる可能性はあります。

方法は下記の2つの方法となります。
①1つは、主たる事業は飲食業となりますので本社（その他各種事業）の労働保険番号を廃止して、本社の従業員も店舗（飲食業）に含める方法です。
労働保険の廃止をするには確定保険料申告書を所轄労働基準監督署に提出し、労働保険料の清算手続きを行います。確定保険料を計算した際、還付金が発生する場合には労働保険料還付請求書も併せて提出します。
継続する店舗（飲食業）の労働保険料は、本社分の人員が増える為、賃金総額の見込みが2倍を超えて増加し、その年の労働保険年度更新で申告した概算保険料の金額と大幅に概算保険料が乖離（13万円以上増加）する場合には、増加概算保険料の申告と納付が必要になります。

②2つ目の方法として、本社（その他各種事業）の「事業の種類」を飲食業に変更し、「継続事業の一括」をすることにより労働保険番号を1つにする方法です。
「継続事業の一括」の手続きの要件は以下の通りです。
①継続事業(事業の期間が有限である建設や林業などの事業以外)であること。
②各事業で、事業主が同一であること。
③各事業で、「労災保険率表」による「事業の種類」が同じであること。

貴社は現在事業の種類が本社（その他各種事業）と店舗（飲食業）と異なっています。
上記の③のように労働保険番号を１つにするには、「事業の種類」が同じであることが1つの条件となります。
貴社の本社（その他各種事業）は店舗と同じ事業所内にある為、事務機能のみが独立しているとは言い難い為、主たる事業の飲食業に変更をすることができる可能性があります。

方法としては、まず主たる事業は飲食業になる為、本社の事業の種類を飲食業に変更します。
手続きとしては「労働保険名称、所在地等変更届」を労働基準監督署に提出して事業の種類を飲食業に変更とともに「労働保険継続事業一括認可・追加・取消申請書」を労働基準監督署に提出することで、労働保険番号をまとめることができます。

管轄の労働局、労働基準監督署によりが上記手続き方法の指示が異なる場合がある為、どちらの手順で進めるか事前に労働局または労働基準監督署にご確認ください。