フレックスタイム制は始業・終業時刻の決定を労働者に委ねる制度ですから、コアタイム（必ず勤務しなければならない時間帯）を設定して、その時間帯の中で業務を命じることは可能ですが、コアタイム以外については原則業務を命じることができません。
現状のコアタイム（10時～15時まで）でも、9時に打合わせが必要となってもフレックスタイム制の社員に対して、9時出勤を強制することはできません。
ご検討されている労使協定の「業務上の必要がある場合、フレキシブルタイム中に行われる会議や研修への参加を従業員に依頼することがある」と記載することは法的に問題はないですが、フレキシブルタイム中の会議や研修の参加は任意となります。
定例会議等へのフレックスタイム制適用対象者の参加が任意では業務運営が困難となる場合は、短時間（2～3時間程度）のコアタイムを設けてその時間帯で会議等を実施されるのが良いでしょう。