結論から申し上げますと、特別徴収した住民税は口座振替での納付は行えません。
口座振替が行えない理由としまして、従業員の異動等により毎月の振替金額に変動があり、正確性を保つことが難しいからです。

納付方法としては、主に以下の通りになっております。
・納入書による納付（特別徴収税額通知書に同封されて郵送されてきます）
・eLTAXの地方税共通納税システム
・銀行のオンライン（インターネットバンキングの地方税納入サービスや総合振込によるデータ送信等）
→各銀行のサービスになります。