先ず「専門業務型裁量労働制」とは、業務の性質上、業務遂行の手段や方法、時間配分等を大幅に労働者の裁量にゆだねる必要がある業務として厚生労働省令及び厚生労働省告示によって定められた業務（19業務）の中から、対象となる業務を労使で定め、労働者を実際にその業務に就かせた場合、労使であらかじめ定めた時間働いたものとみなす制度です。

そして、以下を労使協定で定めた上で、所轄労働基準監督署に届出ています。
①制度の対象とする業務
②労働時間としてみなす時間
③対象となる業務遂行の手段や方法、時間配分等に関し具体的な指示をしないこと
④対象となる労働者の労働時間の状況に応じて実施する健康・福祉を確保するための措置の具体的内容
⑤対象となる労働者からの苦情の処理のため実施する措置の具体的内容
⑥協定の有効期間（３年以内とすることが望ましい）
⑦④及び⑤に関し労働者ごとに講じた措置の記録を協定の有効期間及びその期間満了後3年間保存すること

よって今回は③及び④の観点から、不足時間分を控除するのではなく、そもそもの基本給・裁量労働手当を時短する分に沿った契約に改めることが望ましいでしょう。
④の健康・福祉確保措置をどのように講ずるかの指導の中に、対象労働者の勤務状況及びその健康状態に配慮し、必要な場合には適切な部署に配置転換をすることと明記されていますので、こちらも検討されることをお勧めいたします。
どちらも労働契約書の取り交しが必要です。