お問い合わせの件につき、結論としては、住民票登録のある市町村で徴収する形になります。

具体的には、以下の手続きを行います。

①住民票登録の無い市町村（今回の場合は現在特別徴収を行っている市町村）に連絡し、特別徴収取り消しの手続きを取る。

特別徴収の取り消しについては、通常は給与所得者異動届等の提出により行うことが出来ますが、市町村により必要な手続きが異なりますので、具体的な方法につきましては市町村の担当者様にご確認下さい。

②すでに納付済みの住民税については還付請求を行い、還付して貰う。

同じ期間の住民税であっても、市町村により税額は異なる為、現在特別徴収にて納付している税金については　還付処理により返還して貰って下さい。

③住民票登録のある市町村にて特別徴収の手続きを行う。
　基本的には該当年度の給与支払報告書を提出することで、特別徴収の手続きを行って貰えます。
　決定通知がお手元に届きましたら、通知書に基づき特別徴収を行って下さい。

なお、特別徴収に切り替える時には、原則として対象の方が持っている普通徴収の納付書を回収し、市町村に送付する必要がありますが、これは重複して納付することを避けるための処理ですので、実際に送付する必要があるかどうかは市町村にご確認下さい。


通常、住民票登録の無い市町村に給与支払報告書を送付すると、提出先の市町村では給与支払報告書を住民票登録のある市町村に転送する、もしくは住民票登録が無いということで提出した企業に返送する、といった手続きが行われます。
しかし、市町村によってはそのまま受理され、住民税の特別徴収が行われてしまう場合がございます。
本件のように別々の市町村で各々処理が行われてしまうケースは少ないとは存じますが、手続きとしては難しいものではございませんので、対象者の方が過剰に納付することがないように対応してあげるのと同時に、住民票登録のある住所を正しく申告して頂けるようにご指導されるのが宜しいかと存じます。