休業手当の支給率に差を設ける基準が明確であり、差があることが合理的な理由によるのであれば、法として直ちに問題にはならないと考えます。

ただし、以下の点については注意が必要です。

・短時間、有期雇用労働者等の雇用形態の違いを理由として差が生じている場合
令和2年4月1日より短時間・有期雇用労働者及び派遣労働者に対する不合理な待遇差を設けることが禁止になりました。厚生労働省の「同一労働同一賃金ガイドライン」では「休業手当」についての指針は明確にされていませんが、職場における労働条件・待遇という観点では休業手当についても不合理な待遇差が生じていないか確認する必要があります。なので、支給率に差を生じさせる基準が「雇用形態の違い」のみである場合には法の趣旨に反します。
上記を踏まえ支給率に差を生じさせる場合、質問文中の貢献度の定義を明確にする必要があります。

また、休業手当の支給に伴い雇用調整助成金の申請を行う場合、支給額算出に当たりいづれか低い方の支給率を用いて算出されますのでご注意ください。
参考：雇用調整助成金 FAQ（令和２年４月 27 日時点版）

◆支給率に差を設けることの社内への影響を考えましょう。

雇用形態（有期雇用か正社員か）によって差を設けることは、上記にもあるとおり昨今ますます難しくなってきています。

他にも部署ごとによる差、役職に応じてなど、一見もっともらしい差であっても、よく考えてみれば根拠がなかったり、経営者の思い込みや慣習的なもので説明がつかないなど合理的でない差もあるでしょう。

また、同じ社内で通常勤務の人、リモートワークの人、休業する人が混在するような場合では、不公平感が増したり、モチベーションが下がったりする可能性もあります。

さらに最初は 100％であった支給率も休業が長期化すれば下げざるを得ない状況になるかもしれません。早急な判断とともに慎重さも求められます。