振替休日の残日数が多い労働者の存在する場合は、2019年４月１日施行の労働基準法改正に伴っての年次有給休暇の5日の時季指定義務化に対応しようとしても、年次有給休暇よりも振替休日を取得してしまい、年次有給休暇の取得を中々促進できず、年５日間の年次有給休暇を取得できない社員が発生してしまい労働基準法第39条違反となるリスクがございます。

また、振替休日残日数につきましては、年次有給休暇の取得を促進できないばかりでなく、その分の賃金が未払になっており賃金の全額払いに反し労働基準法第24条に違反していることになります。
振替休日につきましては、ご認識の通り、同一週内で取得をした場合には、割増賃金の支払いは必要ありませんが、週をまたいで取得した場合には、法定休日の振替の場合には35％、法定外休日の場合には25％の割増賃金の支払いが必要となります。
さらにそもそも取得できていないという場合には、法定休日の場合で135％、法定外休日の場合で125％の支払いが必要となってきます。

御社の場合振休の取得期間を特に定めていないとのことですが、もし週をまたいで取得した場合に割増賃金を支払っていない場合には、上述の35％、25％の割増賃金の支払いが未払となっており、最大２年間遡って、その分を請求される、または、監督署の臨検等により指摘を受け支払いを命じられるおそれがございます。
また、未取得の振休残がある場合には、その分の135％、125％の割増賃金が未払となっており、最大２年間遡ってかなり大きな金額を請求される、または監督署の臨検等により指摘を受け支払いを命じられるおそれがございます。

このリスクを回避するためには、原則的には当月中に取得できなかった振替休日分の賃金については当月中に精算をする必要がございます。
それが難しい場合であったとしても振替休日の取得期間を翌月迄等の短い期間に定め、その間に取得できなかった場合には手当精算を行うというように変更し、未払賃金の発生リスクを極力減少させることを行う必要があると考えます。

可能な限り速やかに変更できるようにご検討ください。