結論としては、本取り扱いに問題はありません。

賃金計算の端数の取扱いに関しましては昭和63年3月14日 基発第150号で示されております通り、「1ヶ月における時間外労働、休日および深夜業の各々の時間数の合計に1時間未満の端数がある場合に、30分未満の端数を切り捨て、それ以上を1時間に切り上げること」は事務簡便のため認められております。
ただし、30分未満を切り捨てて計算し、30分以上1時間未満は切り上げずにそのまま計算する、という方法は認められておりません。また、1カ月での時間外労働、休日および深夜業の各々の時間数の合計に上記の処理を行うことが認められているだけに過ぎず、1日や1週間で上記の処理を行うこともまた認められておりません。

ご質問の処理に関しては30分未満の部分でも切り捨てられる部分、切り上げられる部分が存在し基発で示されている基準よりも労働者にとって有利な処理になっておりますので、問題になるところはありません。

ただし、あくまでも事務手続きの簡便化の為に認められている、という事ですのでご質問の内容に関して言えば15分未満分の残業時間が切り捨てられる事は労働者にとって不利益であることに変わりはありません。認められているから、という事で片付けるのではなく、賃金規定等に明記した上で個々の労働者に納得いただけるように説明を差し上げるのが、いらぬトラブルを避けるためにも重要です。