そもそも36協定届（時間外・休日労働に関する協定届）については、時間外労働・休日労働が発生する場合に適用対象者となります。ご認識のとおり、法律上は裁量労働時間制＝適用対象外という定めはございません。

実際の裁量労働時間制の協定届について、1日のみなし時間が例えば10時間で締結している場合には、1日2時間当たりの法定時間外労働が発生していることとなりますため、当然に36協定の適用対象となります。
たとえ1日のみなし時間が8時間で締結している場合でも、所定休日に出勤している場合、法定休日に出勤している場合も36協定の適用対象となります。

また、2019年4月より働き方改革により時間外労働の上限時間が設定されたり、時間外労働として集計する時間として法定休日労働が入る部分が出てきたりしますので、その点も踏まえて勤怠管理者の方へお話をしていただき、時間外労働についての正しい理解をしていただけるよう、ご尽力していただければと思います。