自然災害により、社員が出勤不可能であることは会社に責任があるわけではありませんので、原則ノーワークノーペイで賃金を支払う必要はないでしょう。
ただし、労働契約や労働協約、就業規則等に社員が出勤できなかった場合の賃金の支払について定めがある場合は、それに従う必要があります。

一方で、社員の身の安全などを考慮し、会社の指示で出社しなくてよいと判断することもあるかと思います。この場合は、休業手当（平均賃金の100分の60以上）の支払が必要となります。

労働基準法第26条では、使用者の責に帰すべき事由による休業の場合には、使用者は、休業期間中の休業手当（平均賃金の100分の60以上）を支払わなければならないとされています。ただし、天災事変等の不可抗力の場合は、使用者の責に帰すべき事由に当たらず、使用者に休業手当の支払義務はありません。
ここでいう不可抗力とは、以下２つの要件を満たすものでなければならないと解されています。
(1)その原因が事業の外部より発生した事故であること、
(2)事業主が通常の経営者として最大の注意を尽くしてもなお避けることのできない事故であること

つまり、事業所が豪雨により浸水など直接被害を受けて休業する場合は、使用者の責とはならず、休業手当の支払いも不要となりますが、事業所の被害はなく営業できる状態で、会社が社員に休みの指示をしたとなれば、これは不可抗力という原因でなく、使用者の責による休業となりますので休業手当の支払が必要になるのです。
自然災害だからといって一律に不可抗力であると判断はせず、個別の状況をしっかりと確認した上で判断することが必要です。

なお、社員も自然災害により公共交通機関がストップしているやむを得ない状況を考慮して、社員からの希望があれば、事後に有給休暇への変更を認めるような配慮や、中には自然災害などで出勤できない場合でも通常の賃金を支払う会社もありますので、貴社の事情に合わせた対応を検討いただくことをお勧めいたします。