年次有給休暇の賃金の支払い方法については就業規則などに明確に規程しておく必要があり、原則として以下のいずれかの方法となります。
（１）労働基準法で定める平均賃金
（２）所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金
（３）健康保険法に定める標準報酬日額に相当する金額※労使協定の締結が必要

貴社の就業規則では平均賃金にて支払うと規程されているようですので、
ご記載の通り、①の方法にて原則どおりの平均賃金を算出し、
②にて最低保証金額を算出し、結果として高い方を支給するという方法で問題ございません。

平均賃金を用いる場合、毎月有給休暇の賃金の単価が異なり給与計算が煩雑になる可能性もあるため、
1日の労働時間が固定されているのであれば、（２）の所定労働時間労働した場合に支払われる賃金を用いるのが一般的ですし、
1日の労働時間がばらばらであれば、現状のまま平均賃金を用いるなど、
貴社の実態と規程の運用が合っているか見直されると良いでしょう。