ノーワークノーペイの原則により、不就労の時間分を賃金控除することはできても、数時間勤務している日を、1日欠勤扱いとして欠勤控除することはできません。
尚、今まで遅刻早退をしても給与からは控除をせずに運用していたものを、今後控除していくことは、不利益変更にあたります。

過去の判例では、遅刻・早退・欠勤につき賃金控除できることに改訂された就業規則規定を適用され賃金控除された従業員らが、遅刻等の場合賃金控除しないことが労働契約の内容ないし労使慣行となっており、就業規則の改訂の効力は及ばないとして控除された賃金の支払いを求めた事例もあります。(日本貨物検数協会事件)

運用を変更するには、合理的な理由（変更の必要性・相当性など）がなければ従業員の方も納得し難いかと思いますので、一方的に就業規則などを変更するのではなく従業員の理解を求め、説明を十分行うことが望ましいと思われます。