受講要領にて、親会社の社員は強制参加、関係会社の対象者は希望者と明記されているのであれば、強制参加である親会社の社員は「業務命令」での研修参加、希望者による参加である関係会社の社員さんは、「業務命令ではない」研修参加となります。
業務命令ではない研修の参加・不参加のみを理由に評価を下げるという事は、避けた方がよろしいかと思います。（参加希望者と希望しなかった者の、その後の勤務態度や業績等で両者の間に差が生じた結果の評価の差、という事であれば問題はないかと思います）

また、実質強制のような習慣・雰囲気となってしまっているという点においては、上記のような見方とは異なり、関係会社の社員さんにおいても業務命令での研修と判断されかねないため、参加者募集の方法（極力、強制が及ばない方法での参加募集とする等）の見直しを含め、研修参加を希望しなかったことのみを理由とした不利益取り扱いはやはり避けるべきと考えます。