短時間勤務を適用している社員にも裁量労働制の適用は問題ございません。
ただ、短時間勤務を希望されているということは、業務量を通常よりも制限する必要がある状態ですので、業務遂行を社員の裁量に任せ長時間労働となりやすい裁量労働制はなじまないものと思われます。


また、ご質問では当該社員は「営業職」であるとのことですが、適用されているのは「裁量労働制」でしょうか？
裁量労働制には、「専門型」「企画型」の2種類あります。

専門型裁量労働制は、業務の性質上、業務遂行の手段や方法、時間配分等を大幅に労働者の裁量にゆだねる必要がある業務として定められた業務の中から、労使で対象業務を決め、あらかじめ定めた時間働いたものとみなす制度です。
対象業務は19業務に限られており、主なものとしては新商品や新技術の開発・研究業務、情報処理システムの分析・設計業務、デザイナー、コピーライター、公認会計士、弁護士などがあります。

また、企画型裁量労働制の場合は、事業運営に直接影響するような企画・立案・調査・分析などの業務を対象としています。事業場としても、本社・本店であったり、支社・支店であっても本社・本店による具体的な指示は受けず独自に事業運営の計画等を決定できる場に制限されています。

一般的にイメージされる「営業職」はどちらの裁量労働制にも該当しない可能性が高いですが、貴社の場合はいかがでしょうか。
現在「営業職」の方に適用されている労働時間制が適正なものであるかも含めて、検討されることをお勧めいたします。