まず、有休中の賃金については、
・所定労働時間勤務した分の通常の賃金
・平均賃金
・健康保険法第３条の標準報酬日額相当額（労使協定必要）
のいずれかが、就業規則等に予め定められているかと思います。

有休中の賃金が、所定労働時間勤務した分の通常の賃金である場合、
「月によって定められた賃金については、その金額をその月の所定労働日数で除した金額（労働基準法施行規則第２５条）」とあるため、固定残業代は含めて年次有給休暇中の賃金を支払うと解します。


労働基準法附則第136条では、「年次有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額その他不利益な取扱いをしないようにしなければならない。」と定め、有休の取得を抑制するすべての不利益な取扱いはしないようにしなければならないとしています。

そのため、上記に当てはまり固定残業代を支給しない場合には、退職予定者であっても明確な根拠が必要となり、就業規則等で明確にされるべきといえます。