特別条項の上限時間は法的に示されてはおらず、協定書を作成には労使の協議に委ねられているのが現状です。
時間外労働時間数に関する明確な定義はございませんが、上限時間の参考としては過重労働による脳心疾患に係る労災認定基準が定められておりますので、上限時間の目安にされることをお勧めいたします。

＜1ヵ月間の時間外労働時間＞　　　　　　　　　　　　：　＜業務との関連性＞
・発症前1～6ヵ月概ね45時間以内　　　　　　　　　　　　⇒　　弱い
・発症前1～6ヵ月概ね45時間を超える　　　　　　　　　　⇒　　関連性が徐々に強まる
・100時間を超えるまたは2～6ヵ月間概ね80時間を超える　⇒　　強い　　　　

また、今年の4月には厚生労働省は1ヵ月の残業が100時間に達した場合に行っている労働基準監督署の立ち入り調査について80時間を超える残業のある事業所に対象を広げることしました。
このことからも行政は時間外労働削減の方向に動いておりますので健康管理面から過重労働の基準を超えないこと、時間外労働の削減をしていく取り組みが必要です。

御社でも時間外労働削減の対応として人員不足解消を進めておりますが、その他にも業務運営の見直しを図る等した上で特別条項の時間上限時間設定を行っていただくとなります。参考値としては過重労働基準の業務との関連性が強まる月80時間を以上の上限設定は避けるべきでしょう。