産前産後休業を取得されていても在籍している社員であり、賞与の支払い義務は発生しますが、支給額に関して就労期間を基準にして査定することは違法とはなりません。

今回の査定期間3月から8月は休業されていなかった為減額対象にはなりませんが、 査定期間中に休業されている場合、休業されている期間分に関しては不就労期間であることから、支給対象から控除することに問題はございません。

また、賞与支給による不利益についてですが、賞与支給額から所得税、雇用保険料は控除されますが、年末調整・確定申告により年税額が計算されること、産前産後休業中の社会保険料の免除は賞与にも適用するので、健康保険料、厚生年金保険料の控除がないことを踏まえ、 不利益となることはございません。
ただし、社会保険料の免除は産休開始日の属する月から産休終了日の翌日が属する月の前月までですので、 例えば10月30日に休業が終了する場合で、10月15日に賞与が支給される場合は賞与の社会保険料の免除が適用されませんのでご注意ください。