健康診断の結果の有効期限が３か月以内という基準の根拠について回答いたします。

＜労働安全衛生規則＞
雇入時の健康診断につきまして、労働安全衛生規則第43条では「医師による健康診断を受けた後、三月を経過しない者を雇い入れる場合において、その者が当該健康診断の結果を証明する書面を提出したときは、当該健康診断の項目に相当する項目については、この限りでない。」と定められています。
この規則により、企業は入社時に新たに重複して雇入れ時健診を実施しなくても良いものとなります。

（以下、厚生労働省のホームページ）※雇入時の健康診断
https://jsite.mhlw.go.jp/tokyo-roudoukyoku/var/rev0/0146/3601/2015520101629.pdf

＜提出されない場合のリスクについて＞
1.雇入時に健康診断を実施することは労働安全衛生法第66条で義務付けられていますので、実施せずに雇用すると罰金に処される可能性があります。（労働安全衛生法第120条）

2. 健康診断結果が未提出である場合、従業員が入社時点で業務に耐えうる健康状態だったかの判断することができません。休職やトラブルにつながる可能性がある一方で傷病手当金は健康保険法に基づく被保険者の権利であるため、会社がこれを妨げることはできません。また、これにより社員が出勤していなくても、退職しない限りは「社会保険（健康保険・厚生年金）」の被保険者とされますので、会社は健康保険料と厚生年金保険料の事業主負担分を、休職期間中は支払い続けなければならないものとなります。

健康診断を実施しないケースや健康診断の結果書類が未提出だった場合、労働基準監督署のによる是正勧告や報告命令の対象になりますので、必ず提出してもらうことが重要です。