事業主は従業員に対して定期健康診断を実施する義務とは、
労働安全衛生法に基づいたもので、「労働者が働いている場合」に義務があります。

今回の第1子の育児休業期間と第2子の産前産後休暇期間の間の期間を、
有給休暇の消化で繋いでいるケースも「労働義務のない日の扱い」となりますので、
定期健康診断を実施しなくても差し支えありません。

ただし、休業終了後には速やかに定期健康診断を実施しなければなりませんので、
事前に休業後のスケジュール調整しておくことが望ましいです。

（以下、厚生労働省のホームページ）※健康診断のQ&A
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2520.htm

※以下、補足となります。

【妊娠中の健康診断】
勤務されている場合は、妊娠中でも定期健康診断を受診する必要はありますが、
産科医（主治医）に妊娠中であることを伝えてください。
その上で、受診不可と判断された場合は定期健康診断を受診する必要はありません。

【休業中（休職中）の健康診断】
その他介護休業、病気休職など、従業員様が定期健康診断を希望した場合は受診可能となります。
ただし、就業規則や雇用形態により健康診断の対応が異なる場合もあります。