就業規則で、休日が「土曜日・日曜日」と明記されていた場合、
土曜日が法定外休日
日曜日が法定休日
として扱われるのが一般的です。

休日労働は労働基準法第35条に基づき、法定休日労働と所定休日労働に分けられます。

【法定休日労働】
労働基準法では、少なくとも1週間に1日を法定休日とすることが義務付けられています。この法定休日に労働した場合、割増賃金率は1.35倍以上となります。

【所定休日労働】
労働基準法第32条では従業員に1日8時間、1週間に40時間を超えて労働させてはいけないと定められているため、会社が独自に設定している休日（土曜日や祝日など）が所定休日に該当します。
この場合、割増賃金の計算は法律では義務付けられていません。

今回のケースでは、日曜日に労働をした時間に割増率1.35倍を加えて支給する必要があります。
また、土曜日に労働しても割増率は発生しませんが、法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超えて労働した場合、割増率1.25倍の割増賃金が生じますので、注意が必要です。