まず前提として、「社会保障・税に関する手続書類へのマイナンバーの記載は、法令で定められた事業主の義務となっており、事業主はマイナンバー法に基づき、従業員に対してマイナンバーの提供を求めることができる。」となっております。
できる限り社員の皆様には提出の協力依頼をし、それでも提出に協力いただけないようであれば念のためその事実を確認できる書類等を残しておくとよいかと思います。

① ご本人様より提出をいただけない場合の手続きについてですが、
・健康保険、厚生年金
→基礎年金番号と住所を記載することで、マイナンバーを省略することができます。
（健康保険組合等の場合対応が異なる可能性がございますので、直接お問い合わせください。）
・雇用保険
→備考欄に「ご本人様よりマイナンバーを拒否された」旨の記載があれば省略が可能です。

② ご本人様からの提供をいただけない場合でも不利益な取り扱いや解雇等を行うと労働基準法違反になる可能性がございます。