懲戒処分に関する調査に時間を要し、その間、出社に適さない事案（例：横領、セクハラ・パワハラ）の場合には、懲戒処分の前段階で自宅待機を命じることがありますが、これは懲戒処分でなく、業務命令による自宅待機となります。
この自宅待機中の給与を支払う義務があるかどうかですが、使用者の業務命令であれば、懲戒処分の調査であったとしても賃金を全額支払うことが原則となります。（なお、就業規則に休業手当の金額（平均賃金の6割）と設定することは可能です）

一方で、「当該労働者を就労させないことにつき、不正行為の再発、証拠隠滅のおそれなどの緊急かつ合理的な理由が存する」など、社員の就労を許容しないことについて実質的理由が認められる場合には、例外的に賃金支払義務を負わないこととされています（日通名古屋製鉄作業事件/名古屋地裁H3.7.22）。なお、このようなケースでも給与を支払わないこととする場合には、就業規則にその旨の記載がなければなりませんので注意が必要です。