通勤手当の不正受給を防ぐためには、以下のような手段が考えられます。悪質な場合は、懲戒処分や過払い分の返還請求も可能です。また、終業規則と給与規定についても、支給対象者、支給限度額、算出方法等を確認し、支給条件を明確化することも必要です。

(1)就業規則、給与規程で、通勤手当の支給に関する決まりを設ける。
(2)入社時、住所変更時には「通勤手当支給申請書」を提出してもらい、その申請書では通勤経路と通勤定期代を申告してもらう。
(3)本人から申請のあった金額や経路を会社側も必ずチェックをし、妥当かどうかを判断する。
(4)定期券面のコピー、あるいは購入時の領収書の提出を義務付ける。
(5)不正受給が発覚した場合の返還請求期間、懲戒処分の内容などを就業規則等に規定する。
(6)定期券を支給する　※労働組合と労働協約を締結する必要があり、労働組合のない会社ではできません。

どのように規制するか
　就業規則、給与規程では、通勤手当の支給要件として「最も合理的で経済的な経路によるもの」との
制限を設けるケースが多いですが、判断が伴う表現なので若干注意が必要です。通勤経路が複数あり、所要時間に大差がない場合には、通勤定期代の安い方の経路を会社が指定することも可能です。
　不正受給が発覚した場合には、過払分を遡って返金してもらうようにします。賃金の過払いにあたりますので、賃金控除に関する労使協定の規定があれば、給与から過払い額を控除することができます。返還請求の時効は民法が適用され、過去10年分まで遡って返還請求が可能です。
　最近では、システムを利用して申請を行うこともできますので、サービス内容や機能に制度を合わせていき、煩雑な手続きを効率化することも可能です。