自転車通勤を認める際の注意事項として考えられるものは下記となります。

①規則・規定の作成
自転車通勤について許可基準や禁止行為、保険加入、事故を起こした際の責任の所在、通勤手当について就業規則に追記したり、新たに、自転車規定を作成する必要がございます。

②対象者の選定基準
自転車通勤を可能とした場合、多くの希望者が出ると考えられます。
選定基準に関しましては貴社内で確定していただいて問題はございませんが、不公平感が出ないようにする必要はございます。
また、許可制とし、自転車通勤の経路（自宅から勤務地、自宅から最寄り駅等）、またその必要性も明記した上で申請をしていただき、申請内容と事実をもとに承認をするかどうかを判断されるのはいかがでしょうか。

③保険の加入
通勤途中であれば、事故にあった場合、通勤災害が適応されます。
ただ、従業員が加害者となった場合、高額な賠償金を請求されるケースがありますの　で、自転車損害賠償保険の加入を義務付けることが良いと考えます。（保険証のコピーを必ず提出いただく）
都道府県によりますが、既に保険加入が義務化されている地域もございます。　
　　　　　
④通勤手当
特に規定はございません。
ただし、自動車通勤者と同様、非課税となる上限額はございます。
（国税庁　No.2585　マイカー・自転車通勤者の通勤手当をご確認ください）
手当額につきましては、自転車の整備費であったり、保険料、天候により公共交通機関を使用する場合もあるかと思いますので、そのあたりの配慮は必要があると考えます。

⑤駐輪場
　個人契約、法人契約どちらでも良いと考えます。
　駐輪場代につきましては、企業が負担されている場合が多いと存じております。