退職や休職など、様々な理由によって月の支給額より社会保険料の控除額や、前払いした通勤手当の払い戻し等によって控除額が多くなってしまう場合は給与がマイナスになる事があります。

マイナスが発生しないようにという事は実態としては不可能に近いかと思われますので、一つの解決策としてマイナスが発生してしまう事を受け入れた上で対応する、という方法はいかがでしょうか？
今回の質問にもあります通り「突然言われても」という部分が問題になっているケースが多いと考えられます。
つまり、予め言っておくことでマイナスが発生してしまった場合でもできる限りスムーズにマイナス分の回収を行う、という事です。

・入社時に控除項目の説明を詳しく行う
→例えば、毎月末日締め、当月25日払いで給与が発生する場合に「社会保険料の控除は翌月からで、退職日が末日である場合最終月の社会保険料は2か月分控除される」という説明をする、基本給等から算出された報酬月額から標準報酬月額を算出しある程度の社会保険料の見込み額を伝える、通勤費の払い戻しが発生した時の算出方法等

・(けがや病気の)休職の場合でも社会保険料の控除がされる旨を伝える
→受給要件を満たせば「傷病手当金」を受けとる事が可能であることも同時に伝える。
また、傷病手当金の受け取りを社員本人ではなく会社を受取先に指定することで、そちらから社会保険料を控除した額を社員に振込をする、という事でマイナスの発生をさせない事も可能です。
ただしその場合は会社側がきちんと傷病手当金の額を把握し、本人に振り込む作業が発生したり、それによって社員本人の傷病手当金の受け取りが通常より遅れてしまったりという事態が発生しますので、その旨の説明をした上で社員の同意を得る必要があります。

また、一括でマイナス分を支払ってもらわないといけないわけではありませんので、分割の支払いにて対応してもらうよう求める事も一つの方法になります。
ただしその場合は毎月きちんと支払ってもらっているかの確認や、支払いが止まってしまった場合の対応なども考えなくてはならないのでその点はご注意ください。

雇い入れ時に支給項目の説明を詳しくしても、控除項目の説明をあまり説明されていなければトラブルが起こってしまう要因になります。
会社として控除すべき項目なのだから支払って当然、という態度では相手も反発してしまう事もあるでしょう。
伝え方やその時期によって十分理解してもらうことが出来ればマイナスが発生したとしても、トラブルは未然に防ぐ事ができるのではないでしょうか。