出向元と出向先の両方で賃金を支払っている場合の社会保険料の取扱は以下の通りとなります。

◆労災保険
出向元が出向先に出向元で支払っている賃金を通知し、出向先で支払っている賃金と合算した額を基準として算出した労災保険料を出向先が申告納付します。

◆雇用保険
賃金の高いほう（今回は出向元）でのみ雇用保険に加入し、高いほう（出向元）の賃金を基準として算出した雇用保険料を高いほう（出向元）が申告納付します。

◆社会保険
社会保険については、まずは、賃金額の高いほう（出向元）の会社で加入することとなります。
賃金額の低い方（出向先）の会社については、こちら（出向先）でも労務管理を行っていて、常用的使用関係があると判断される場合は、「二以上勤務」という制度が適用となり、
出向先の会社でも重複して加入することになる可能性がございます。
この場合の社会保険料は合計した賃金額を基準にして算出され、出向元と出向先でそれぞれ按分して、双方で社会保険料を負担することになります。

以上が、原則的な考え方になります。

社会保険については、出向先での常用的使用関係をどうみなされるかによっては。「二以上勤務」となってしまうおそれがありますので、全額を出向元である御社で支払いその分を出向先からの負担分に上乗せするほうが良いと考えます。
そうすれば、現在出向先で支給している分も含めて保険料を算出することになり、保険料負担は増えますが将来の年金額や、病気で休業する際に支給される傷病手当金の額が増加することにもなります。
また、全額を御社において支給することになれば、雇用保険についても現在出向先で支給し雇用保険料の対象となっていない分が算入となります。
その場合保険料負担は増えますが、退職時にはその分も含めた額で算定された日額の基本手当を受給できるようになりますので、労働者にとっては不利益がなくなることになります。
全額を御社（出向元）において支給するように変更することをご検討していただくことをお勧めいたします。