まず前提として、年次有給休暇の計画的付与を導入する場合、就業規則に年次有給休暇の計画的付与について定めておく必要があります。労使協定の定める日に年次有給休暇を取得することになるので、ご質問の従業員からの届出は不要となります。

事業場全体の休業による一斉付与の場合、対象となる決められた日(例：5月9日、7月23日、9月19日）について、従業員はその取得する時季を指定することができず、また会社も定めた日に業務上支障があるとしても取得を拒否できないため、労使協定は毎年作成することが望ましいと考えます。もし労使協定で指定された日にちを変更したい場合は、「業務に支障がある場合は変更することがある」旨を定めて労使協定の変更手続きの定め等に基づき手続きを行う必要があります。

年次有給休暇付与計画表による個人別付与の場合、期間と取得日数（例：6月から9月の間に3日間取得）が変わらない限り労使協定の変更は不要で、期間・日数を変更するときには労使協定の再作成が必要になります。

この年次有給休暇の計画的付与制度は、有給休暇の権利がない従業員、有給休暇の付与日数5日以下の従業員には適用できないので注意が必要です。そのような従業員について、特別な有給休暇を与えることや会社都合で休業となる場合には休業手当の支払いをするなどの対策も必要になります。