手続き方法をどのように記載するかは、かなり重要なポイントです。

ご認識のとおり「協議」とした場合は、毎月、労使で打ち合わせが必要になってまいります。
ただ、実際問題として、毎月、そのような場を設けることは現実的ではないかと存じます。

「通告」の場合には、打ち合わせまでの必要はなく、労働者代表へ限度時間を超える見込みであることが伝わって入れば手続き上は問題ございません。ただ、通知したことが残るように書面にて通知しておかれたほうが良いかと存じます。メールでも構いません。メールで通知する場合、労使の合意が取れていれば、発信者は事業主ではなく人事からとすることも可能です。

しかしながら、重要なことは、本来、特別条項に該当するのは、相当なイレギュラーな事態が発生した場合に例外を認める、という趣旨のものであるということです。
事前に通知さえしていれば、いくらでも（年6回までという規定はありますが）限度時間を超えても良い、というものではございません。
残業時間の削減も並行して進めるようになさってください。