【回答】
回答いたします。

上司や同僚（葬儀参列者）がどのような立場で、葬儀に臨むかによります。
つまり、会社の代表として参列するのであれば②が妥当であり、個人的な関係で参列するのであれば①が妥当となります。

ただ、御社が香典を給与支給にシフトしようと考えていることを鑑みると、
②が該当する機会は、なくなるものと思います。
葬儀参列をもって弔意を表明する場合は、給与支給にしない方がよいかと思います。
給与支給へシフトする理由を、改めて問う必要があります。

その他、留意点について述べますと、
社内交際費として認めていない点について、会社として香典を支給する規定があるため、
個々の従業員が支払った香典を会社経費として認める必要性はないので、問題ないかと思います（会社が支給する香典は「福利厚生費」として経費扱いにする）。

「給与支給で香典を支給」とのことですが、香典は性質上、課税対象にならず、労働の対価とはいえないため、賃金や報酬として取り扱わないようにしなければなりません。雇用保険料や源泉所得税を計算する際に、注意が必要となります。

以上を踏まえ、
御社ではまず、葬儀参列と給与支給の両立について再考して頂く必要があり、
給与支給を採用するのであれば、留意点に注意する必要があります。