「労働者の時季指定や計画的付与により取得された年次有給休暇日数分ついては指定の必要はない」という部分についてですが、労働者が自ら申し出て取得した有給休暇の日数や、労使協定で取得時季を定めて与えた日数（計画的付与）については、毎年時季を指定しなくてはならないとされている5日から控除することができるという意味です。
つまり、労働者が自ら申し出て取得した有給休暇であれ、計画的付与であれ、年次有給休暇を5日以上取得済みの労働者に対しては、使用者による時季指定は不要です。
（例）
・労働者が自ら5日取得⇒使用者の時季指定は不要
・労働者が自ら3日取得＋計画的付与2日（計5日取得）⇒使用者の時季指定は不要
・労働者が自ら3日取得⇒使用者は2日を時季指定
・計画的付与で2日取得⇒使用者は3日を時季指定

年次有給休暇の時季指定の趣旨は、現在の有給休暇取得率の低さを改善するために、一定日数の有給休暇が確実に取得できるようにすることですので、既に5日以上の取得が実現できている会社であれば、実務上の対応は不要と考えてよいでしょう。