扶養控除申告書に項目が記載されている事項は、本人の申告による記載が定められている項目になります。個人番号欄につきましても同様に記載しなければならない事項となっておりますので、記載しなくて良いという社内アナウンスは適切ではないかと存じます。

しかしながら、マイナンバーFAQにて「マイナンバーについては給与支払者に提出済みのマイナンバーと相違ない」旨の本人直筆があり、既に提供を受けている従業員のマイナンバーを確認するのであれば、扶養控除申告書の提出時にマイナンバーを記載しなくても差し支えないという取り扱いがあります。

御社については従業員規模が大きいため、アナウンスのわかりやすさや事務処理の煩雑さを考えますと、扶養控除申告書の個人番号欄へ「提出済みと相違なし」と記載し簡略化することでも問題ございません。また、マイナンバー未提出者分の記載にあたり赤字で記載することは申告書の体裁上の問題であり、課税上の問題が直ちに発生するわけではありません。