住民税の特別徴収において誤納付が発生した場合は、速やかな連絡と正しい手続きが重要です。以下の手順で対応してください。
（正しい納付先：A市、誤った納付先：B町とします。）

まず、正しい納付先であるA市の特別徴収担当窓口に連絡し、対象の従業員と、誤ってB町に納付してしまった旨を説明します。その際、現時点で延滞金等が発生していないか、いつから発生するか、また追納方法について確認します。多くの場合、納付書を用いて納付するか、翌月分の住民税に加算して納付する対応となります。前者の場合、A市から納付書を送付してもらいます。

次に、誤って納付したB町の特別徴収担当窓口へも連絡を行い、今回の納付が誤りであることを伝えます。その上で、還付の手続き方法や還付時期を確認してください。自治体によっては還付までに一定の期間を要する場合があります。具体的な手続きとしては、B町から還付通知が届きますので、還付（入金）の口座を指定します。この際、手数料等が発生するか（差し引かれるか）も確認しておきましょう。

最後に、該当する従業員本人への説明も必要に応じて対応しましょう。通常、直接的な金銭的影響は生じにくいものの、タイミングによって、納税情報等に関わる可能性があるため、状況と対応方針を丁寧に伝えることが望ましいです。

このように、A市とB町双方の窓口と連携し、速やかに正しい納付を行うことで、延滞金や従業員への影響を最小限に抑えることができます。