36協定の特別条項によって延長できる時間については、現状、厚生労働省の通達では「特別の事情が生じたときに限り、労使当事者間において定める手続を経て、限度時間を超える一定の時間まで労働時間を延長することができる旨を協定すれば、一定期間についての延長時間は限度時間を超える時間とすることができる」とのみ規定されており、変形労働制を採用しているか否かにかかわらず、延長時間の上限に定めはありません。

しかしながら現在国会で審議中の「働き方改革を推進するための関係法律の整備に関する法律案」では、臨時的な特別な事情がある場合でも年720時間、単月100時間未満（休日労働含む）、複数月平均80時間（休日労働含む）を限度としています。平成31年4月1日施行予定ですので、これを踏まえた上で特別条項の延長時間を検討されるのがよろしいかと存じます。

但し、特別条項はあくまでも弾力的措置です。原則は月45時間、年360時間（1年単位の変形労働時間制を採用している場合は月42時間、年320時間）が上限ですので、限度時間を超える労働は極力抑制するよう心掛けてください。