労働基準法上の管理監督者につきましては、労働時間、休憩、休日については、適用除外となりますので、労働時間管理については、しなくてよいということになります。

しかし、「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン 」においては、その適用範囲について、適用除外者についても、健康確保を図る必要があることから、使用者において適正な労働時間管理を行う責務があるとされています。
また、過重労働による健康障害の防止の観点からも、「健康確保のための責務があることなどに留意して、過重労働とならないよう十分な注意喚起を行うなどの措置を講ずるよう努めましょう」とされています。

上述の点から、管理監督者の労働時間把握については、法的義務は明記されていませんが、実質上把握しなければならないと解すべきと考えます。
管理監督者の労働時間把握については、一般的には、①他の社員と同様に出勤簿を記載、②他の社員とは異なる出退勤状況を記録するもので管理等をして把握していると思います。

長時間労働者の面接指導については、『管理・監督者等は、労働者自らが「時間外・休日労働時間が月100時間を超え、かつ、疲労の蓄積が認められる」と判断し、申出があった場合に面接指導を実施』と厚労省作成のパンフレットに記述がありますので、そのように対応していただければよろしいかと考えます。
しかし、もしログオンログオフの記録等で管理監督者の労働時間の把握ができている状況であれば。他の一般社員と同様に対応すべきと考えます。