貴社は所謂、第三債務者にあたり、債務者（スタッフさん）の給与（市税事務所からみた差押債権、
貴社からみた給与支払債務）を差押可能金額（通常は給与支払額の約４分の１相当額）を差押え、
債権者に納付する義務を負っています。

ご質問のケースですと、スタッフさんが来なくなった以上、貴社の給与支払債務は発生しませんので、
必然的に差押えるべき債権は発生しません。
市税事務所にお問い合わせ頂いても特段問題はございません。

恐らく毎月の給与支払額確定後、市税事務所の方へ差押可能額を報告されているかと思いますので、
今回は給与支払い額が０円で差押え金額が０円である旨、報告して頂ければと思いますし、併せて
スタッフさんが突然、来なくなってしまった旨も報告して頂いて差し支えございません。